System.setProperty("javax.xml.transform.TransformerFactory", "net.sf.saxon.TransformerFactoryImpl"); これだけで、おｋ。他のコードは共通でいい。

StreamSource xsl = new StreamSource("hoge.xsl"); これだとエラーになって、 StreamSource xsl = new StreamSource(new File("hoge.xsl")); だと、ちゃんとパスが解決できる。……